Objective. Breast cancer chemoresistance is attributed to a wide variety of mechanisms, including autophagy. Transcription factor EB (TFEB) has been identified and characterized as one major regulator of autophagy and lysosomal genesis. The objective of this thesis is to evaluate the prognostic role of TFEB and its pathway in breast cancer chemoresistance. Materials and methods. This retrospective study analyzes the expression of TFEB, CARM1, and SIRT1 and the methylation of PITX2 in breast cancer. Patients who were treated with chemotherapy and relapsed within 12 months from treatment initiation were compared to a sub-cohort of breast cancer patients treated with chemotherapy who did not recur within 12 months of follow up. The expression of TFEB, CARM1, and SIRT1 was analyzed by both immunohistochemistry and RT-PRC on formalin-fixed paraffin embedded samples. PITX2 methylation was tested with the diagnostic CE-marked kit Therascreen PITX2 RGQ PCR. In the final model, 136 cases of breast cancer treated with chemotherapy were included. Results. Increased TFEB expression is associated with lower survival in patients with chemotreated invasive breast cancer. Furthermore, the protein expression of SIRT1 is significantly correlated to that of TFEB and CARM1, so that a very low expression of SIRT1 (lower than the first quartile of the H-score distribution) is associated with a low expression of TFEB and CARM1 and with longer survival. Finally, in basal-like and Her-enriched tumors, TFEB and SIRT1 tend to have a lower H-score compared to the luminal subtypes. PITX2 methylation analysis was feasible only in 65% of the selected samples, but no significant differences between the cases and the controls was found, as well as no correlation with the expression of the TFEB pathway. Conclusions. TFEB and SIRT1 seem to have a potential prognostic significance in patients with chemotreated breast cancer, probably due to their role in the regulation of autophagy. In addition, no correlation between TFEB and PITX2 methylation was found, likely because they act two different roles within the autophagy process.

Obiettivo. La chemioresistenza del carcinoma mammario viene attribuita a una vasta gamma di meccanismi cellulari, tra cui l’autofagia. Il fattore di trascrizione EB (TFEB) è stato identificato e caratterizzato come uno dei principali regolatori dell’autofagia e della genesi lisosomiale. L’obiettivo di questa tesi è valutare il ruolo prognostico della pathway di TFEB nella chemioresistenza del carcinoma mammario. Materiali e metodi. Questo studio retrospettivo analizza l’espressione di TFEB, CARM1 e SIRT1 e la metilazione di PITX2 nel carcinoma mammario. Le pazienti trattate con chemioterapia che hanno recidivato entro 12 mesi dall’inizio del trattamento sono state confrontate con una sub-coorte di pazienti con carcinoma mammario chemiotrattato che non sono state colpite da recidiva entro i primi 12 mesi di follow-up. L’espressione di TFEB, CARM1 e SIRT1 è stata analizzata sia mediante immunohistochimica che RT-PRC su campioni fissati in formalina ed inclusi in paraffina. La metilazione di PITX2 è stata testata con il kit diagnostico marchiato CE Therascreen PITX2 RGQ PCR. Nel modello finale sono stati inclusi 136 casi di carcinoma mammario chemiotrattato. Risultati. L’aumentata espressione di TFEB è associata a una minore sopravvivenza nelle pazienti con carcinoma mammario invasivo chemiotreatato. Inoltre, l’espressione proteica di SIRT1 è significativamente correlata a quella di TFEB e CARM1, quindi un’espressione molto bassa di SIRT1 (inferiore al primo quartile della distribuzione del H-score) è associata a una bassa espressione di TFEB e CARM1 e ad una sopravvivenza più lunga. Infine, nei tumori triplo-negativi ed Her2-positivi, TFEB e SIRT1 tendono ad avere un H-score più basso rispetto ai sottotipi luminali. L’analisi della metilazione di PITX2 è stata possibile solo nel 65% dei campioni selezionati, ma non sono state riscontrate differenze significative tra i casi e i controlli, nonché nessuna correlazione con l’espressione della pathway di TFEB. Conclusioni. TFEB e SIRT1 sembrano avere un potenziale significato prognostico nelle pazienti con carcinoma mammario chemiotrattato, probabilmente a causa del loro ruolo nella regolazione dell’autofagia. Non è stata trovata invece alcuna correlazione tra la metilazione di TFEB e PITX2, probabilmente perché le due proteine svolgono ruoli differenti nel processo di autofagia.

ESPRESSIONE DI TFEB, SIRT1 E CARM1 E METILAZIONE DI PITX2 NEL CARCINOMA MAMMARIO CHEMIORESISTENTE / Serena Bertozzi - : . , 2020 Apr 23. ((32. ciclo, Anno Accademico 2018/2019.

ESPRESSIONE DI TFEB, SIRT1 E CARM1 E METILAZIONE DI PITX2 NEL CARCINOMA MAMMARIO CHEMIORESISTENTE

BERTOZZI, Serena
2020-04-23

Abstract

Obiettivo. La chemioresistenza del carcinoma mammario viene attribuita a una vasta gamma di meccanismi cellulari, tra cui l’autofagia. Il fattore di trascrizione EB (TFEB) è stato identificato e caratterizzato come uno dei principali regolatori dell’autofagia e della genesi lisosomiale. L’obiettivo di questa tesi è valutare il ruolo prognostico della pathway di TFEB nella chemioresistenza del carcinoma mammario. Materiali e metodi. Questo studio retrospettivo analizza l’espressione di TFEB, CARM1 e SIRT1 e la metilazione di PITX2 nel carcinoma mammario. Le pazienti trattate con chemioterapia che hanno recidivato entro 12 mesi dall’inizio del trattamento sono state confrontate con una sub-coorte di pazienti con carcinoma mammario chemiotrattato che non sono state colpite da recidiva entro i primi 12 mesi di follow-up. L’espressione di TFEB, CARM1 e SIRT1 è stata analizzata sia mediante immunohistochimica che RT-PRC su campioni fissati in formalina ed inclusi in paraffina. La metilazione di PITX2 è stata testata con il kit diagnostico marchiato CE Therascreen PITX2 RGQ PCR. Nel modello finale sono stati inclusi 136 casi di carcinoma mammario chemiotrattato. Risultati. L’aumentata espressione di TFEB è associata a una minore sopravvivenza nelle pazienti con carcinoma mammario invasivo chemiotreatato. Inoltre, l’espressione proteica di SIRT1 è significativamente correlata a quella di TFEB e CARM1, quindi un’espressione molto bassa di SIRT1 (inferiore al primo quartile della distribuzione del H-score) è associata a una bassa espressione di TFEB e CARM1 e ad una sopravvivenza più lunga. Infine, nei tumori triplo-negativi ed Her2-positivi, TFEB e SIRT1 tendono ad avere un H-score più basso rispetto ai sottotipi luminali. L’analisi della metilazione di PITX2 è stata possibile solo nel 65% dei campioni selezionati, ma non sono state riscontrate differenze significative tra i casi e i controlli, nonché nessuna correlazione con l’espressione della pathway di TFEB. Conclusioni. TFEB e SIRT1 sembrano avere un potenziale significato prognostico nelle pazienti con carcinoma mammario chemiotrattato, probabilmente a causa del loro ruolo nella regolazione dell’autofagia. Non è stata trovata invece alcuna correlazione tra la metilazione di TFEB e PITX2, probabilmente perché le due proteine svolgono ruoli differenti nel processo di autofagia.
Objective. Breast cancer chemoresistance is attributed to a wide variety of mechanisms, including autophagy. Transcription factor EB (TFEB) has been identified and characterized as one major regulator of autophagy and lysosomal genesis. The objective of this thesis is to evaluate the prognostic role of TFEB and its pathway in breast cancer chemoresistance. Materials and methods. This retrospective study analyzes the expression of TFEB, CARM1, and SIRT1 and the methylation of PITX2 in breast cancer. Patients who were treated with chemotherapy and relapsed within 12 months from treatment initiation were compared to a sub-cohort of breast cancer patients treated with chemotherapy who did not recur within 12 months of follow up. The expression of TFEB, CARM1, and SIRT1 was analyzed by both immunohistochemistry and RT-PRC on formalin-fixed paraffin embedded samples. PITX2 methylation was tested with the diagnostic CE-marked kit Therascreen PITX2 RGQ PCR. In the final model, 136 cases of breast cancer treated with chemotherapy were included. Results. Increased TFEB expression is associated with lower survival in patients with chemotreated invasive breast cancer. Furthermore, the protein expression of SIRT1 is significantly correlated to that of TFEB and CARM1, so that a very low expression of SIRT1 (lower than the first quartile of the H-score distribution) is associated with a low expression of TFEB and CARM1 and with longer survival. Finally, in basal-like and Her-enriched tumors, TFEB and SIRT1 tend to have a lower H-score compared to the luminal subtypes. PITX2 methylation analysis was feasible only in 65% of the selected samples, but no significant differences between the cases and the controls was found, as well as no correlation with the expression of the TFEB pathway. Conclusions. TFEB and SIRT1 seem to have a potential prognostic significance in patients with chemotreated breast cancer, probably due to their role in the regulation of autophagy. In addition, no correlation between TFEB and PITX2 methylation was found, likely because they act two different roles within the autophagy process.
TFEB; SIRT1; CARM1; PITX2; carcinoma mammario
TFEB; SIRT1; CARM1; PITX2; carcinoma mammario
ESPRESSIONE DI TFEB, SIRT1 E CARM1 E METILAZIONE DI PITX2 NEL CARCINOMA MAMMARIO CHEMIORESISTENTE / Serena Bertozzi - : . , 2020 Apr 23. ((32. ciclo, Anno Accademico 2018/2019.
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